Saludos Joel,
Podrías ser más detallado con que tipo de error estás recibiendo cuando publicas el formulario? Formularios con código es necesario implementarlos mediante Full Trust. Este tipo de publicaciones conllevan a un serie de pasos adicionales, los cuales consisten en que el Desarrollador programa el formulario en InfoPath y envía el archivo al Administrador del SharePoint para que este lo apruebe y lo publique en la Administración Central.
Para publicar este tipo de formularios básicamente se deben seguir los siguientes pasos:
1. Publicar el formulario en algún lugar de la red.
2. Dirigirse a la Administración Central de SharePoint -> Administración de la Aplicación -> Subir plantillas de formularios
3. Buscar el formulario y subirlo al sitio.
4. Dirigirse sobre el nombre, hacer clic en la flecha y a continuación Activar en una Colección de Sitios.
5. Elegir el sitio en el cual se desea activar.
Con esto ya tendrás publicado el formulario de InfoPath como una plantilla, luego podrás crear la librería y asignarle la plantilla.
Para mayor información puedes visitar:
How to: Deploy InfoPath Projects
Publish a form template with full trust
Nota: Algunas traducciones de las opciones de SharePoint pueden tener variaciones del nombre, es que en este momento tengo al alcance una versión en inglés, así que lo traté de traducir.